此番的新故事以马林梵多的顶上战争结束后为原点，描绘了失去艾斯并与同伴们分离的岁月里，主人公路飞在鲁斯卡纳岛上修行习得霸气的故事，而西鲁巴兹·雷利、波雅·汉库克、巴基、佩罗娜等角色也将登场亮相。此外，剧中还会出现由尾田新绘制的敌人——恶魔果实持有者班迪·沃尔德。
五十岚抛弃过去，为了逃离社会而移居鹿儿岛县“トカラ列岛”。在被称为“日本最后的秘境”的“火之岛”相遇的，是岛上唯一的中学生とんぼ。天真烂漫的少女，隐藏着意想不到的高尔夫才能！？以这次相遇为契机，两人的命运发生了很大的变化…。
从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
学业优秀的高中二年级学生村上良太（逢坂良太 配音）是天文部唯一一名成员，童年时代他曾有过十分要好的朋友“黑猫”，但在一次事故中，少女黑猫为了营救良太而被宣告死亡。这起事件给了良太沉重的打击与创伤，因此他才希望代替黑猫仰望星空，找到传说中的外星人。这一天，美丽女孩黑羽宁子（种田梨沙 配音）转到良太的班级，他惊讶地发现，黑羽竟和黑猫长得极其相像。宁子是个奇怪神秘的女孩，她不会九九乘法，却能够预测他人的死期。她在暴雨中拯救了本该死去的良太，并向对方透露了其魔法使的身份。为了保护良太，宁子拒绝与之过多接触。然而好奇心十足且对过去抱着诸多疑问的良太，还是义无返顾闯入了一个神秘而危险的世界…… 本片根据冈本伦的原作改编。
