经历了一番波折，曾经的暗黑系中二深度患者富樫勇太（福山润 配音）终于和现役中二中毒者小鸟游六花（内田真礼 配音）确立了恋爱关系。因妈妈出差和爷爷的失误，六花暂时借住在勇太家中，二人开始实质的同居生活。转眼他们升入了高二，青春气息鄙人的校园内，一色诚（保志总一朗 配音）换了新的发型，丹生谷森夏（赤崎千夏 配音）发誓君临校园，凸守早苗（上坂堇 配音）和阿森的爱憎对决依然继续，变成三年级的“残念生”五月七日茴香（浅仓幸美 配音）则冷感继续。 美好的季节里，好朋友们再度聚首，可爱、有趣、浪漫又感人的故事继续上演……
在萌鸡小队第四季，萌鸡们大胆又充满趣味的想象力带来了相较于前三季前所未有的乐趣。想象力让萌鸡们大胆地去体验他们想要做的事情和想要成为的样子。例如，当麦奇在雨中和小蚂蚁们撑着伞一起走时，麦奇想象自己变成一把雨伞。当和小蜜蜂们一起在花丛中跳舞时，朵朵想象自己变成了一只小蜜蜂。当给来自海洋的朋友们堆沙堡时，萌鸡小队想象他们自己变成了挖土机、推土机、和小货车。在第四季中，萌鸡小队所有的想象都变成了真实的场景在观众眼前展开！
故事发生在名为鹿缟的城市中。因为同暗恋的女生神泉安菜（堀江由衣 配音）告白被拒绝，平凡的少年大佛弹（植田佳奈 配音）决定前往鹿缟山换换心情。没想到，这居然成为了改变大佛弹一生的一趟旅途。目击到外星飞船坠毁地球的场面的大佛弹成为了事故的牺牲者，为了挽救无辜，事件的始作俑者宇宙仁（藤原启治 配音）重塑了弹的身体。可是，恶趣味的仁擅自将弹的性别和外形转换成了女性！从此，弹将以女性的身份重新开始高中的学习。 塞翁失马焉知非福，变成女性的弹却意外的吸引了安菜的注意。不仅于此，就连亲梅竹马来栖泊（田村由加利 配音）也向弹发起了积极的进攻，一时间，曾经默默无闻的弹成为了热门人物。弹的真实身份会暴露吗？这三人间又将发展处怎样的关系呢？女生之间的感情，还是真是难以捉摸啊。
